Может ли работодатель отказать в приеме на работу по причине отсутствия у гражданина регистрации по месту жительства, пребывания или по месту нахождения работодателя?

Такой отказ не является законным.

Данные действия  будут нарушать право граждан Российской Федерации на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства, гарантированное Конституцией РФ, а также будет являться нарушением ч. 2 ст. 64 Трудового кодекса РФ.